从登基那一刻起，朱元璋便在心中暗下决心，要大刀阔斧改革，巩固皇权。

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首先是调整地方行政机构。明朝建国之初，行政体制基本沿用元朝五级行政结构，即中央、行省、路、府、县。元朝时，行省掌管地方事务。到元末，行省几乎是唐朝藩镇的复制品，不听中央号令。朱元璋对此十分不满。因此，公元1376年，朱元璋首先废除了行省制度，代之以三个不同的机构，分别为承宣布政使司、提刑按察使司和都指挥使司。

布政使管理地方行政和财政，按察使主管地方司法和监察，都指挥使管理军务，他们各司其职，相互制衡，都直接隶属六部。

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其次，重点是革除中央行政机构的权力，首当其冲的是拿中书省开刀。

明初，中书省为全国行政中枢，由丞相直管，辖六部。在这个制度下，唐宋时期中书省的权力就已经非常大了，比如著名的“官白两份，一份给丞相，一份给皇帝”。

这里的“官白”是指官员向皇帝呈递的奏折。不过每天上交的奏折太多，皇上也批不完，所以有些不重要的奏折会直接由丞相和中书省来批复，皇上只需要处理重要的部分。这也是胡惟庸在任丞相时，能够在皇帝审阅奏折前，及时将对自己不利的折子扣下的原因。

公元1378年，朱元璋下令“凡奏章不得关白中书省”。这是什么意思？也就是说，以前送给丞相的奏折副本免了，以后只给朱元璋本人看。不管朱元璋自己能否看得过来，中书省的权力被削弱了，丞相的地位岌岌可危。当时，谁当丞相都会倒霉，而胡惟庸恰好是这个倒霉位置上的倒霉人。

明朝有四位丞相，分别是李善长、徐达、汪广洋、胡惟庸。除了在外征战多年的徐达外，其他三人都尽职尽责。但问题是，以胡惟庸为代表的权臣与朱元璋之间存在着不可调和的权力矛盾。也就是说，不管是胡惟庸还是其他人当丞相，要么不做事，被皇帝嫌弃而赐死，要么做事被认为是侵犯君权，而被问斩。最后，连已经退休告老还乡的李善长，也难逃一死的结局。

在公元1378年，朱元璋又将涉及六部三司的日常事务直接收归自己管理。到公元1380年，中书省和丞相制度被废，相当于朱元璋身兼国家元首和政府首脑的双重职能。

接着，朱元璋设立了四位辅官，协助自己处理政务。 1382年，朱元璋又撤掉了四辅官，沿用宋朝的官制，以殿阁大学士代替。

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朱元璋一方面废除了丞相制度，一方面又废除了一个军事机构——大都督府。明朝建立前，朱元璋已设立大元帅府，明初改为枢密院，后改为大都督府，以掌控国内的军事活动。

公元1380年，朱元璋认为大都督府权力太大，将大都督府一分为五，即为中、左、右、前、后五军都督府。 每个督府又设有左右都督、都督同知、都督佥事，分担不同职责，相互掣肘。

五军都督府的权力仅限于地方军事管理，不能调动军队，调动军队的权力属于皇帝。从朱棣登基开始，五军都督府与兵部相互争权，一直到明朝中后期，五军都督府才统归兵部管辖。不过，由于调动军队的权力一直掌握在皇帝手中，避免了元朝军队失控、地方军阀强于皇帝的情况。

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另一项变革是司法系统。在明代，司法制度中最重要的是监察机构和监察制度。最初，朱元璋设立御史台作为监察机构。但在公元1380年，御史陈宁、御史中丞涂节因牵连胡惟庸案而被处死，御史台也被废止。

1382年，朱元璋设立都察院，长官是都御史。都察院的作用是充当皇帝的耳目，监督朝臣腐败和滥用职权。都御史之下是监察御史，他们被派往各地，专门巡查和报告地方官员的违法行为。

除了都察院，司法系统中最为知名的就是大理寺，相当于最高法院。其职能是重新审查都察院和刑部的判决，与都察院和刑部统称为三法司。

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明朝刚建立，由于朱元璋大肆改革组织机构，滥杀功臣、朝臣，导致国家行政管理队伍被急剧削弱，失去了大量肱股之臣和高级官僚。朱元璋执政时，虽然政治危机尚未出现，但他的后继者接手了一个被严重削弱的政权。政府系统中缺乏有才干的官员，使政权无法有效地运作。 到公元1398年，孙子朱允炆继位时，竟没有优秀的朝臣来辅佐他。

朱元璋完成了皇帝权力的高度集中和丞相制度的终结。他以最严厉的口吻教育后代，绝不允许再出现一个“丞相”。然而，他的后人会以其他名义邀请丞相回到朝廷，比如说首席殿阁大学士之类的。因为，丞相所承担的工作，不可能由皇帝一个人处理完。

后来，为了进一步集权，公元1393年，锦衣卫指挥蒋英报告，大将蓝玉叛乱，朱元璋随即也令蓝玉及相关1.5万人，成为了刀下鬼。不过，这是后话了。