继李长江附逆之后，国民党江苏省保安第八旅旅长杨仲华，又于一九四一年三月投向日伪。汪精卫委以苏皖边区绥靖军总司令的伪职，后改称第二集团军总司令。日伪加紧增设据点，分割与缩小我抗日根据地，进一步推行伪化政策。
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三月二十日，刘少奇、陈毅联名给粟裕、刘炎、陈丕显和我一封指示信。信中指出:“过去顽固派集中力量对我进攻，使我不能集中力量抗敌，现在由三角斗争主要形势变为对日直接斗争形势了……因此，反对敌人和汉奸伪化苏北，保卫苏北抗日民主根据地就成为你们及苏北人民目前唯一的直接任务。”并且着重给我们指出:这是“更直接、更严重的抗日任务”。这为我们的斗争明确了主要方向。
同时，我们接到华中局三月十九日的决定:为了适应新的抗日斗争形势，抗日根据地实行小省制，划定东台、兴化、宝应以南，黄海以西，长江以北，运河以东为苏中区。撤销苏北区党委和苏北临时行政委员会的建制，成立新的党政军领导机构。党组织为苏中区党委，书记刘炎，副书记陈丕显;政权机构为苏中行政委员会(苏中行政公署)，我任主任;军为苏中军区，由新四军一师兼，粟裕兼司令，刘炎兼政委，钟期光兼政治部主任。由我们组成苏中区军党政委员会，统一领导苏中抗日根据地的斗争和工作。
苏中区领导机构建立后，即开展各项工作和加强军事斗争。四月二十日，苏中军区在拼茶正式成立。同月，苏中部队向日伪军发动猛烈攻势，连续作战半个多月，攻克了黄桥。并先后拔除了古溪、蒋垛、苏陈庄、大洒庄、孤山、老头庄等不少日伪军严密设防的据点，直逼靖江城。四月十七日，一旅一团和泰兴地方武装在姚家岱战斗中，毙日军泰兴城防司令官以下二十余人，生俘日军二人。
五、六月份，我军又在各地向日伪军展开攻势，取得多次胜利。敌伪的小股“扫荡”不断，但到处挨打。在反“扫荡”斗争中，不仅我军主力积极行动屡获胜利，地方武装和人民群众也得到了锻炼，情绪很高。他们在行动中积极配合主力，到处伏击和袭扰敌人，破路拆桥，站岗放哨，盘查行人，运输担架，捕捉汉奸，发挥了很大作用。
我们除在军事上不断打击敌人外，还在经济上实行对敌封锁，变革税收政策，提高向敌伪占领区的出口税率，同时又进一步加强了争取伪军的工作，纠正了以往有些地方对伪军只打不争取的偏向，有力地挫败了日伪军的第二次大“扫荡”。
在反“扫荡”的对敌斗争中，我们根据苏中的实际情况，将新划定的区域又分为四个分区和一个特区。江都、高邮、宝应三县为一分区，主要有一些部队在活动，六月间派惠浴宇去建立了江高中心县委和江高行署，由惠任书记兼主任，至翌年春才正式成立专署和地委，书记韦一平，专员朱克靖。二分区辖兴化、东台、泰东三县。
地委书记陈时夫，章蕴为副书记，专员陈同生，后为刘季平;我兼分区司令员，乔信明为副司令，后梅嘉生为副司令员兼参谋长。三分区以黄桥为中心，辖泰州、泰兴、靖江的全部，南至长江，地委书记叶飞，专员朱克靖，分区司令陈玉生，政委由叶飞兼。四分区辖启东、海门、南通及如皋的丁堰、林梓、白蒲以东的地域。地委书记向明，副书记钟民，专员为季强成，分区司令为季方。另，东台的富安、安丰以西，海安、曲塘以北，约两个区划为兴东泰特区，为“联抗”活动的范围，建立苏中兴东泰工委，书记张敬人。
这几个分区的建立有先有后，条件成熟了，就建立。大体上是在这段时间。其中一分区，因王必成的部队接受北上盐阜区保卫军部的新任务离去，由惠浴宇带了一部分人坚持工作，直到翌年春，江渭清、温玉成率十八旅渡江到江高宝地区，才正式成立一地委和一专署，惠浴宇任专员，刘先胜任司令员。有了坚强的组织、坚强的领导，反“扫荡”斗争才能持久有力。
日伪军还是不断地进行“扫荡”，企图达到全面的占领。规模较大的一月左右一次，规模较小的一周左右一次，从几百人到几千人不等。我军在军事上采取灵活机动的战略战术，一般都是主力跳出敌人的“扫荡”圈外，从外线打击敌人;内线主要靠地方武装，每个县有一个团，为了加强县团的战斗力，以应付敌人的“扫荡”，我军令各分区拆散一个主力团，以连或营为单位与县团合并，便于打击敌人。二分区也拆掉了一个团分别充实各县团，作为县团的骨干，要县团各连很快向主力连看齐，战斗力一下提高了，这办法非常有效。各区有区大队，约一个连。乡有基干队，约一个排，其余青壮年编为民兵，专搞捉敌探，掩护群众转移等工作。形成了一个主力与地方武装紧密结合的全民战争的局势。这是我军的一个优良传统，什么敌人也打不垮我们。人民群众的子弟大多参加了部队。
百姓对部队非常爱护。在反“扫荡”中，群众全心全意地帮助我们。
因此，我军损失很小，敌人却消耗很大。敌人“扫”过来，“扫”过去，次次扑空。粟裕手里控制着两个主力团，各分区手里也控制千余人的一个主力团。出其不意，攻其不备地和敌人周旋。我们退出东台后，从一仓河移到三仓河和粟裕、陈丕显在一起，平时也经常在一起商量，有问题立即处理，当天事一般不过夜，随到随解决，工作效率很高，没有推1t拖拉现象。各分区也是如此。敌人“扫荡”时才分散应敌。敌退时，我们又集合，敌人始终找不到我们的行踪。
敌伪在苏中屡次“扫荡”均扑空之后，指挥再次撤换，十三军团的司令由泽田换成了夏腾田井，其所属十二旅团旅团长由丸山换成了南部襄吉。他们以为我新四军一师主力已转移到东台以北的盐阜地区(盐阜系我华中局和新四军军部所在的要地)，就决定将大“扫荡”的主攻方向转向盐城。敌人估计我一、三师都集结在盐城地区，小部队进攻，必遭失败，因之，集中海陆空力量向盐城地区猛攻。
但敌人现有兵力不足，即向其它地区抽调部队。在南京的侵华日军第十三军团司令夏腾田井亲自部署，以其十五师团、十七师团和十一旅团各一部，从浙江、苏南等地调来江北，接替南部襄吉的十二旅团在长江北岸及运河沿线各据点的防务，然后纠集十二旅团全部兵力、李长江、杨仲华等伪军及淮阴、连云港等地的其他日伪军部队，在海空军配合下，分数路向盐城进攻。一路从东台向盐城;一路由兴化水路向秦南仓;一路由两淮向涟水;同时又从海上经射阳河登陆，向阜宁;形成了四面合围盐城的态势。七月上旬开始行动，气焰十分嚣张。
华中局和军部命令苏中区党委和苏中军区立即组织百万军民，积极作战，以紧密配合保卫盐城之战。
日军北犯之后，苏中海安、靖江、如皋一带空虚。尤其重要的，我们对其交通线必须进行彻底破坏，使其后方之粮株补给无法北运。为此发动群众，由地方武装掩护，大力破坏敌人的交通。我主力即集中兵力将敌伪薄弱据点全部攻克，尤其是中心区的据点。
大计方针决定后，粟裕即根据陈毅的命令，抓紧战机，发动苏中主力向敌后方猛攻。三分区军民在叶飞等领导下连拔黄桥、季家市、天星桥、姚家岱、孤山等重要据点;我二分区的部队拔掉了大丰镇据点，毙日军数十人;四分区部队在陶勇等领导下，相继攻克金沙、马塘、石庄等重要据点。同时，在人民群众和地方武装的大力支持下，破坏了泰州、如皋、海安之间的公路，摧毁了封锁线上的所有桥梁，并在大小河道中构筑了一道又一道暗坝，造成了敌伪后勤运输的极大困难，敌人的给养无法向前方运送，前后方部队无法呼应，首尾不能相顾，恐慌万状。我军的积极行动，已形成进逼泰兴、如皋、海安之势，威胁到敌长江和京(宁)沪铁路的安全。
据情报和俘虏口供称，敌酋夏腾田井军团司令连连电责南部襄吉谎报军情。南部又恼羞成怒，立即撤换了一个大队长。苏中情况紧急，夏腾田井命令北犯部队迅速南撤以救援如皋、海安、泰兴等地，限期到达，否则将对南部襄吉等军法从事。
北犯之敌占领盐城不到一周，遭到黄克诚三师部队的顽强抵抗，损失惨重，后援无济，接到南京军团司令命令后，立即不分昼夜仓惶南撤。
敌人南撤时，陈毅又命令黄克诚、粟裕指挥三师和一师之一部在盐阜地区发动猛烈反攻，相继收复秦南仓、湖垛、阜宁等重要城镇，歼灭了留守的日军和伪军。南部所率的日伪军在南撤途中又遭我军民伏击和袭扰，他已无力理睬，匆匆退却，一路上丢弃了许多军刀、马鞍等物，狼狈不堪。
南部襄吉南归后，几次受到夏腾田井的严厉训斥，急于向我苏中部队进行报复。于八月十三日开始第三次大规模“扫荡”。其重点先放在我二、四分区，出动飞机对李堡镇、大费公司等处狂轰滥炸，接着又采用梳蓖式的办法，一个村镇一个村镇，反复“扫荡”，不予遗漏。斗争形势比以往更加尖锐，更加残酷。
为了应付敌人“扫荡”，我军决定主力部队分散活动，相机打击敌人;并大规模发动人民群众参军。县团充实至六百人至一千人;区大队实足二百人左右。各乡的游击队、民兵基干队、武工队也发展很快。县独立团打击下乡“扫荡”的小股日伪军;区大队对付少数伪军;乡的游击武装主要打击少数破坏抗战的汉奸。地方干部和武装坚持原地斗争，县不离县，区不离区，乡不离乡，人自为战。
陷敌于人民战争的汪洋大海之中。
敌以其兵力和装备之优势，占领了李堡、拼茶、掘港、马塘、双甸、岔河、石港、大中集、潘家撇等集镇，立即构筑坚固的据点，企图久守分割，和经常发动较小规模的分区“扫荡”。同时，继对二、四分区大“扫荡”后，将重点转向我三分区。“扫荡”由每月一次增至半个月一次，往往是千人与数千人的报复性反复“扫荡”，并袭击我政府机关，打击地方武装，寻觅我主力决战。黑夜偷袭的次数也愈来愈频繁。我军常几夜不得睡觉。有时一夜移几个地方。敌每一次“扫荡”，我群众中总有许多亲人被杀，房屋被烧。每到傍晚，狼烟笼罩在我稠密村庄的上空。随处都可闻到火烧房屋、被褥等物的糊焦味、臭味。虽然斗争这样残酷，仇恨却逼着我们去搏斗，疲劳也就更不在话下了。
粟裕当时有个想法，曾写信和我商量。他提出根据地必须有一个较巩固的中心区，这巩固的中心区无论如何不能丢失。他说，如果我们没有这样一个能始终坚持的地区作为依托，要取得胜利是极困难的。粟裕的这一思想，当时我完全同意。他决定将一仓河、三仓河一带作为苏中抗日根据地中的巩固的中心区。这样，我们党政军领导机关就有了安身之处。我们在军事上、群众工作上都作了坚实的部署。以后我们领导机关就分散在这一带地区有大半年时间。敌人知道这一带是我军指挥机关后，向三仓河围攻，我军决不让它占领，粟裕亲自指挥部队反击，给予敌人沉重打击，打死日军数十人，俘虏伪军数百。敌被逼退去，而三仓河已被毁，形势十分严重。我和粟裕、陈王显不得不分开行动。
一仓河、三仓河、向南至丰利一带背靠大海，地域开阔，便于回旋。虽然这次大“扫荡”后，我苏中抗日根据地缩小了一些，敌伪据点增多(据当时苏中区党委组织部统计，敌占据点最多时为五十四个，伪占据点为一百0四个)，但巩固的中心区一直牢牢地为我军所控制。敌人几次大的军事行动均未得逞。三分区叶飞在那里，四分区陶勇在那里，都搞得很好。那些地方虽然大部分成了游击根据地，困难很大，但领导坚强，军民一心，敌人是无法全面控制而战胜的。
十月中旬，由于敌人在苏南地区的残酷“清乡”，华中局和军部决定，主力部队暂时撤出“清乡”地区。第六师十八旅由于江南“清乡”区情况一天天严重起来，敌伪疯狂窜扰，我军原控制地域已不利于大部队迁回，乃决定北渡长江进入江(都)高(邮)宝(应)地区，暂归一师指挥。于是，这就增强了我苏中的力量。针对日伪缩小我抗日根据地的阴谋，我军又陆续开辟了高宝、通海、通西等游击区或同情区。至一九四二年底，王必成率二旅部队南下，以牵制敌人，支援了苏南斗争。
在反“扫荡”斗争中，苏中军民克服了重重困难，年底统计，我军仍控制有苏中百分之四十七的地区，约一万平方公里;百分之六十人口，约五百十余万;党员人数从年初的约三千人发展到九千余人;建立了一千0一个支部，区委一百二十二个，县委十二个和分县委四个，七个县成立了参政会。地方武装发展到近万人。参加各种群众组织的有五万三千人。
苏中区党政军在上级领导下，依靠广大人民群众，终于在这片平原水网地区站稳了脚跟，并对根据地进行了初步建设，积聚了革命力量，为今后长期坚持斗争和将来反攻，打下了较好的基础。
实践证明，敌后平原地区是可以建立根据地的。
