一项对古代基因组的研究显示，在十四世纪吉尔吉斯斯坦爆发的瘟疫中死亡的人是被致病细菌耶尔森氏菌杀死的，这些细菌在几年后引起了黑死病的病原体。

1346年至1353年期间，黑死病在欧亚大陆西部流行，在一些地方造成了高达60%的人口死亡。历史记录表明，鼠疫是从东方出现的的，具体在克里米亚半岛上的卡法，在1346年蒙古帝国军队的围攻中经历了最早的记录之一的鼠疫爆发。高加索地区和中亚的其他地区被认为是潜在的爆发点。

几年前，英国斯特林大学的经济和环境历史学家发现了吉尔吉斯斯坦一对14世纪墓地的记录，他认为这些记录可能为黑死病的起源提供线索。这些墓地被称为Kara-Djigach和Burana，拥有异常多的1338年和1339年的墓碑，其中10个明确提到了一场瘟疫。

为了确定这些墓葬是否与后来的黑死病有任何关联，斯拉文与克劳斯合作，从吉尔吉斯人的墓地中追踪遗骸，。这些墓地在19世纪80年代和19世纪90年代被挖掘出来，并被转移到俄罗斯的圣彼得堡。由德国图宾根大学的考古遗传学家Maria Spyrou领导的团队对七名遗体当中的的古代DNA进行了测序，在卡拉-吉加赫的三座墓葬中发现了黑死病鼻祖Y. pestis的DNA。

从数据中收集到的一对完整的Y. pestis基因组显示，这些细菌是与黑死病有关的菌株的直接祖先。 其他证据表明，黑死病的起源是在中亚的这一地区。在Y.pestis细菌的现代菌株中，那些从吉尔吉斯斯坦、哈萨克斯坦和中国西北部天山山脉周围的旱獭和其他啮齿动物身上取样的菌株与卡拉-吉加赫菌株的关系最为密切。

啮齿动物是Y. pestis的天然储库，而人类只有在跳蚤等媒介传递感染时才会患上鼠疫。克劳斯怀疑，人类与受感染的旱獭的密切接触引发了吉尔吉斯斯坦的流行病，而欧洲免疫力低下的老鼠群体则助长了黑死病。