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有些人恶毒攻击说，颜宁的蛋白质结构研究被人工智能AlphaFold2几乎全部破解，饭碗丢了才回国
1. 这是彻底的谎言。AlphaFold2是工具，促进生物和医学研究，预测蛋白质结构是辅助，帮助科研，而不是替代科研。它是对一类已经有数据的蛋白质结构预测得好，折叠有规律的预测得好，这是算法。颜宁等人用冷冻电镜去测量，这是物理，各种办法互相配合做事，绝对不存在什么“饭碗丢了”的问题。
2. 颜宁主要的争议，据说是在清华没有评上院士，学派斗争、年龄不够什么的，于是失望跑美国去评上了美国科学院的院士（一般认为科研水平比中国院士要高）。国内院士体系确实有不少问题，这是很多人批评的，一些老院士知识体系老化，把持科研资源，投票做不到公平，对现实的产业科研瓶颈没有帮助。
3. 感觉可能是美国那边打压中国学者，大批高水平学者纷纷回国，三个月就有1400多人。这个大势是真的，美国政客搞“China initiative”迫害了不少中国学者，很多学者是真寒了心。而中国也认识到要大力改革科研体系，解决实际问题。希望颜宁回国，预示着中国科研体系励精图治奋发图强，正面迎战美国打压，一举突破围堵，成为顶尖创新型国家。
