《少年包青天3》又名《少年包青天之天芒传奇》，风格和第一部有点相似，每一个凶手都有他们必须行凶的理由，也都有难言之隐。最终他们中的大部分也都选择了自杀来“赎罪”。
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整体来说，这一部的剧情是好于第二部的，至少这一部不会像第二部那样一眼就能够看出凶手，第二部里包拯大部分时间都是在根据结果推理凶手犯罪过程，而不是根据证据推凶手。
第三部总共有六个案子，用天芒案贯穿全剧，还有就是这部剧的每个章节都会有一个诡异的传说，破案的过程也是用科学解释传说的过程，被网友戏称古装版走进科学。
1、重出江湖 (彩蝶鬼魂杀人事件)
作为本剧的第一个案子，这个案子让很多观众不适应，因为这个案子里的包拯是失忆状态，大部分时间都是逗比，和前两部严肃的包拯形象相差巨大，邓超的粉丝应该看着很爽。
包拯失踪后，公孙策顺位成为了天下第一聪明人，被封为尚书到边境谈判议和，同时也遇到了失踪两年的包拯，失踪的这段时间，包拯在一家妓院里做跑堂的。结识了一帮好姐妹和冤家小蛮。
辽国的议和大使萧军一定要把议和点放在妓院，不出意外辽国的萧军被杀，死在了三年前彩蝶上吊的房间，旁边放着彩蝶的画，于是就有了彩蝶鬼魂杀人的说法。
之后双喜镇县官安国泰也被杀了，恰逢此时西夏奸细王海霸出现，被当作凶手抓了起来，然后王海霸也被杀了，随后是万吉祥和黄乐。黄乐死在了野外，身边有黄乐撕碎的认罪书。
这个案件看似就这么结束了，但包拯认为此事有蹊跷，而且辽军主帅耶律俊才对这个结果也不满意，之后包拯被袭击让包拯更坚定了这个想法，头部受伤的包拯突然恢复了记忆，当然他为何会消失的记忆还是没有找回来。
在包拯的精心推理下，真相大白了，凶手是男扮女装的木兰，木兰原名马回峰，父亲是被贬的禁军教头，三年前马兵负责看守和谈金，结果人和金子都离奇地失踪了。
马回峰和母亲受到牵连被关进了大牢，马回峰的恋人彩蝶决定营救马回峰，却无意间听到萧军、黄乐、王海霸等密谋偷和谈金和杀死马兵的事情，她把这些事情画到了四幅画里面。
深情的彩蝶买通了狱卒让自己替马回峰受死刑，被救的马回峰利用时间差伪造了彩蝶上吊自杀的假象，之后马回峰藏在了彩蝶的住处养伤和练习武功，因为彩蝶的院子经常发出声音，而且死的莫名其妙，于是就有了彩蝶鬼魂的说法。
马回峰伤情好了之后，决定等待机会复仇，因为怕被熟人认出来，马回峰就男扮女装进了妓院当丫鬟，因为长相清秀，所以没有被人发觉，声音无法改变，他就假装是哑巴。
宋辽终于再次和谈了，马回峰也开始了他的复仇，萧军一定要住妓院给了他机会，他先是把花瓶放在琴上，然后屋顶悬下了一把刀，半夜利用琴声的共振，让花瓶落下，正好砸在了刀柄上，萧军领了盒饭。
随后是安国泰，安国泰习惯咬笔头，马回峰就在笔头上涂毒，中毒后的安国泰直接被笔杆穿喉而死，王海霸被毒针杀死，万吉祥被掐死，黄安被伪造成了这一系列案件的凶手。
在小蛮的多次明示下，包拯看懂了彩蝶四幅画的含义，看懂了回字形的围棋，看懂了被撕成木字形的认罪书，看懂了万吉祥嘴里的半颗棋，最后木兰承认了所有事情，然后和公孙策道了别。
这个案子和第一部的第一个案子非常地像，都是密室杀人，木兰是男扮女装着实是让人没想到，为了迷糊观众，还让他和公孙策有了感情。
2、三大神器 (三大神器杀人事件)
边境的事情解决后，包拯一行人回了京城，恰好遇到了东瀛的少将军带着三大神器住在迦叶寺，因为三大神器和天芒有关，皇帝就派了包拯一行人去了迦叶寺。
结果刚到迦叶寺，迦叶寺里的老住持长水大师就被杀了，面带笑容，身边放着三大神器之一的八坂琼曲玉，晚上住在寺里的少将军突然往澡堂里扔烟花，导致代理主持无忧哮喘发作。
到了第二天无忧也被发现死在了房间，同样是面露笑容，旁边放着三大神器之一的草薙剑，案件扑朔迷离。
无聊的一行人下山走动，得知了关于天后娘娘的传说，包拯注意到了天后娘娘穿的是东瀛衣服，而且天后娘娘庙是最近几十年才建成的。
众人都认为凶手是护送三大神器的少将军，就在包拯一行人和少将军争执的时候，一孽大师也死了，同样是微笑，同样是身边有三大神器。
一孽是少将军的舅舅，这样少将军是凶手的说法就不攻自破了，此时大将军也来了，并要求包拯限期破案，结果大将军的妻子也被杀了，同样是面带微笑，只是三大神器用完了，只能用花朵代替了。
后包拯从大将军那里了解了大将军家族的八卦，包拯和大将军决定演了一出戏，就是大将军说要亲自给寺里的僧人换僧衣僧鞋，仪式正在举行的时候，少将军突然杀出，穿着夜行衣要刺杀大将军。
少将军被众人追到了悬崖边上，包拯也把真相告诉的了大家，原来大将军无意间救了一个叫笑娘的女人，还把她带到了东瀛，笑娘为大将军生了一个儿子，大将军对这个儿子特别好。
大将军的夫人意识到了危机，表面对笑娘很尊重，背地里给笑娘下毒，趁大将军外出的时候，让自己的哥哥一孽除掉笑娘娘俩，岂料一孽也喜欢上了笑娘，没忍心动手。
笑娘回到了中土，因为未婚生子被家里人赶了出来，无助的她把自己身上的钱财给了路边的一个人，后面这个人认为她是天神下凡，发达后给笑娘建了一个庙。
因为笑娘已经毒入骨髓，她就把自己的儿子送到了寺庙。多年后一孽也当了和尚，将军夫人也为自己对笑娘做的事情懊悔不已，经常诵经念佛，少将军则是把大将军对他的不重视都归结于笑娘和她的儿子。
少将军得知笑娘的儿子在迦叶寺后，开始的他的报复，他先是逼问主持谁是笑娘的儿子，主持不说，就被他杀了，还伪造了在里面锁门的现场。
后来他又发现寺庙的代理住持无忧有哮喘病，断定无忧就是笑娘的儿子，结果发现无忧的脚脖子上并没有他们家族的特征，匆忙之间还穿错了无忧的鞋子。
其实无止才是大将军和笑娘的孩子，经过方丈多年的点化，无止差不多已经忘记了仇恨，结果少将军的两次出手又点燃了无止心中的仇恨。
无止先是对一孽动手，一孽武功高强，无止没有当场成功，但是一孽认为自己罪孽深重，愿意用一死化解无止心中的仇恨，无止走后，一孽伪造被神器所杀的现场。
之后无止在将军夫人的禅房设置了一个机关，只要夫人禅房的门一开，机关就会启动，室内外的气压差会让毒针发射，在中毒针的那一刻，夫人得到了解脱，自己关上了房门并上锁。帮无止转移视线。
真相大白后少将军再次对大将军出手，说他没了以前的斗志，不配当大将军，结果被无止挡下，无止死前明白了一切，少将军也顿悟了，因为大将军说“我不是不管你，而是想锻炼你，你一直都是我最得意的继承人”。
不出意外，无止死了，少将军为了赎罪跳崖了。这个案子不断地强调一念成魔一念成佛，但是根本看不出来，无论是一孽，还是将军夫人，抑或是少将军，心理变化根本没有一个合理的铺垫，说变就变。
迦叶寺没了一个方丈和两个大徒弟，东瀛大将军两个儿子也全没了，最后还模仿了一下第一部里相国寺让包拯当主持，东瀛大将军竟然邀请包拯给他当丞相。
3、脸谱杀人（西陵王面具杀人案）
包拯一行人从三大神器里得到了一句顺口溜——玉山龙 带水虎 朝光会 天芒现 下咸池 杀灭央，于是受皇帝委托去西边找真相了。
一行人路过了西陵族的领地，被这个族里的一个老人看透了心思，她告诉包拯“你是灾星，走到哪里，哪里就会死人”。
包拯一行来到了西朝，果然不出所料，刘巡抚刘义带着西陵王面具发疯、自焚、跳崖而死。刘义的夫人认为他是被什么东西附体了，于是找来了一堆人给刘义招魂。
刘义的招魂仪式，刘义的好兄弟，也是西朝的重要人物高甲、钱并、丁函悉数登场。当然他们是为了这西陵王面具而来的，传说中面具里面有宝藏。
不久之后钱并、高甲、丁涵接连被杀，而且死的时候都头戴西陵王面具，到后来凶手干脆把包拯也扔下了悬崖，结果被包拯发现了悬崖的秘密。
刘义和钱并、高甲、丁涵号称京城四少，因不愿意和庞太师同流合污选择了到西边为官，他们四个的本意是发展自己的势力，以对抗庞太师。
于是他们戴上了贪官与酷吏的面具，最大限度地发展西朝势力，增重百姓赋税、私自开采铁矿、相互勾结牟利，只是面具戴了久了，不愿摘下来了，他们成了曾经最讨厌的人。
庞统也意识到了这股势力，安排了自己的红颜玲儿打入刘府，也就是后来的刘夫人，没想到刘夫人被刘义给同化了，脱离了庞统。
再后来刘义患了不治之症，开始反思这些年自己的所作所为，他想要解散西朝，让老百姓过上正常的生活，岂料他的三个兄弟不同意，于是就有了他假死和西陵王面具杀人的传说。
他先是带着面具自焚跳崖，通过自己在悬崖上设置的藤蔓自救，然后让夫人放出西陵王面具的传说，引自己的好兄弟出来。先杀了他们，然后再假扮他们自杀。
最后西陵王面具“宝藏”的秘密也揭晓了，不是什么金银财宝，而是西朝人的把柄，有了这个把柄，就能控制整个西朝，甚至可以和庞太师抗衡。
这个案子“面具”的主题很好，无论是京城四少，还是刘夫人都有两张面孔，都在戴上面具后无限的放大了自己的欲望，唯一不足的可能就是包拯亲手烧毁了罪证，无论是这部剧，还是整个少年包青天系列，这个行为都是不可理解的。
4、凤凰勾魂案
包拯一行人继续前行来到了一个叫凤凰村的地方，恰好前太医令金匮就住在这里，听说包拯一行人途经此地，金匮就邀请了包拯来坐坐，公孙策遇到了来看病的小风筝。
金匮有三个徒弟，分别是大锥、二白和三阳，金匮的医术非常地高明，还写了一本医书，三个徒弟都想得到，所以每年都会来这个小村子里给师傅过寿。
包拯一来，凤凰村果然出现了意外，先是岩壁上出现了二白被凤凰勾魂的景象，然后是二白就消失了，第二天二白的尸体出现在了祈福的花船上，嫌疑最大的自然是金匮的徒弟们，因为他们都想得到医书。
又过了几天，岩壁又出现了大锥被凤凰勾魂的图像，师傅第一个冲进屋，看到了大锥的尸体，三个人徒弟死了两个，三阳暂时被关在了药庐里。
当天岩壁又出现了三阳被勾魂的图像，一众人冲入了药庐，第一个冲进去的是管家，发现三阳还活着，三阳说完自己后悔杀了师傅的徒弟后也死了。
案子告破，三阳就是杀害师傅徒弟的凶手，离别时金匮祝愿包拯长命百岁，不是九十九，这个祝福语是小蛮写给包拯的，当晚放在了祈福的船上，只有调包小船的人才知道这句话。
最后真相大白，在金匮还是太医令的时候，有一个叫如心的女子跪在他的府门口，求金匮医治自己的哥哥，治疗了很久，还是失败了。
在如心的恳求下，金匮收了如心为自己的关门弟子，还说要把自己医书传给这个徒弟，金匮的徒弟虽然反对，但是没什么作用。
后来金匮干脆辞去了太医令，来到了凤凰村，后来才知道凤凰村是如心的老家，恰逢凤凰村闹瘟疫，金匮帮助大家渡过了难关，受到了民众的爱戴。
再后来金匮直接宣布了要和如心成亲，这下子三个徒弟不忍了，趁师傅不在的时候，杀了自己小师娘，如心死的时候正好被小孔成像投到了石壁上。
因为金匮的记忆出了问题，时有时无，众人都说如心走了，他也没有怀疑，直到有一次偷听到三个徒弟亲口说出来，金匮才有了报仇的想法，而且要用同样的凤凰勾魂。
他制作了三个有迷药的蜡烛，然后找理由让三个徒弟一个接一个出现在那个房间，待到他们被迷晕后，金匮再出现在现场，用自己戒指上的针头杀死徒弟。
按道理包拯在这里，他不应该动手的，但是他的记忆日渐消退，再不报仇就可能没机会了，而且徒弟们也不可能一直聚在这里。
这个案子的最后有点强行洗白三个徒弟的嫌疑，包拯说三个徒弟杀如心不是为了师父的医书，而是不想师父的名誉被毁。
师傅和如心的年龄相差巨大，而且又是师徒关系，结婚后师傅的一世英名可能就没有了，但是三个徒弟表现出来都是对医书的贪婪。
5、天芒现 (秦军复活之谜)
经历了两个命案之后，包拯一行人终于来到了目的地，迎接包拯一行人的是庞太师的手下张西将军，张西告诉包拯你的母亲正在太师那里做客，希望你获得天芒后先交给太师。
皇帝知道了庞太师的做法，但无能为力，不知道皇帝怎么想的，他竟然选择了把天芒的事情宣传了出去，引来其他国家的很多聪明人前来探险，辽国、西夏、高丽、东瀛等都派了最聪明的人来。
当然也带来了展昭的最爱小狸，公孙策最爱的小风筝，公孙策的情敌耶律文才，突然喜欢上小蛮的庞统，加上新出现的喜欢包拯的若水，探案三人组一行人全部陷入了爱情的漩涡。
这个案子的每个人都有双重身份和双重目的，所以每当有一个人死去时，剩下的人都会成为众人怀疑的对象。直到最后死无可死。若水的闺蜜青莲承认了所有人都是她杀的。
可惜包拯不罢休，最终发现了若水的真实身份，原来若水是天芒的守护者，之前也有很多人来寻找天芒，在若水等守护者的阻止下都无功而返，只是这次若水爱上的包拯，一直不愿对包拯和他的朋友们下狠手，最终被包拯找到了天芒。若水也自杀了。
6、杀灭央 (小蛮之死)
包拯找到天芒后回了京，小蛮因为有功被封为郡主，结果不久之后就死在了自己的房间里，现场的证据显示凶手是庞统。
小蛮死后，包拯把自己关在了房间里，什么事情也不做，甚至还出现了幻觉，幻觉里小蛮让包拯振作起来。包拯感觉小蛮没有死，于是就振作了起来。
包拯在和公孙策调查小蛮之死的过程中，那些消失的记忆也渐渐恢复了，最终得知了一个惊天的大秘密，为此包拯请出了太祖的黄袍，并决定公审皇帝和庞统。
原来皇帝早就被庞太师和庞统架空了，八贤王又不在，于是皇帝开始寄希望于各种传说，尤其是关于天芒的神石出现后，皇帝把天芒当作了自己的救命稻草。
为此专门找到了天下第一聪明人包拯来研究，怕包拯知道天芒的真实效果后不愿意找，皇帝就把石头的部分文字给凿掉了，对包拯说天芒是一种神药，可以救自己未来的妻子丝言。
可惜天芒的真实作用还是被包拯得知了，为了不“助纣为虐”，包拯选择了离开郑王府，被赶来的皇帝一行人追赶，众人来到了悬崖边上，包拯脚一滑掉下了悬崖。
后来皇帝的密探发现了包拯的下落，得知包拯失忆后，皇帝让自己最信任的人丝言，化名小蛮去了包拯工作的妓院当丫鬟。
经过半年的观察，确定包拯失忆后，皇帝派了公孙策当议和大使，主要目的就是接包拯了小蛮回京。
小蛮也是个绝顶聪明之人，之前看似漫不经心地说话，其实都是小蛮在得知真相后故意给包拯的提示，为了能实时了解包拯的调查进度，小蛮一直找各种理由留在包拯身边，这个过程中小蛮也喜欢上了包拯。
天芒找到后，小蛮也到了消失的时候，于是就自导自演的自己的被杀案，顺便诬陷了庞统，按照皇帝的安排，这次即使不能除掉庞统，也能让庞统失去人心，只是没想到包拯突然找回了所有的记忆，并根据小蛮的脚趾断定小蛮是郑王的孙女。
最后包拯揭开了天芒的秘密，天芒只是一种提高战士的战斗力的药物，吃了这种药可以一当十，而且不需要休息，但是副作用也很明显，就是停下来之后不久人就会死去，等于提前透支了生命。
徐福之子徐天地用这种药大破匈奴，发现副作用后，就地把这种药埋起来了，就是后来的土城。还让自己的士兵保护这种药，这些士兵的后人就成了天芒的守护者。
曾经的一次地震过后，土城爆发了鼠灾，这群老鼠非常地厉害，见啥咬啥，没有可咬的地方就相互咬，最终全部都死了，小风筝的太爷爷经过调查之后留下了“天亡子，子亡人，子亡子，人亡，子亡，天亡”的话。
皇帝机关算计，最后只得到了一个盛天芒的容器，庞统不忠皇帝，犯上作乱，皇帝不体恤属下，设计陷害臣子，一时间四大将军不知道该支持谁。
最后等来了辽国犯边的消息。为了天下百姓，皇帝和庞统不得不合作，皇帝给庞统下了统领天下兵马抗辽的命令，庞统也接了旨，调兵遣将保卫大宋，算是承认了皇帝的地位。
最后庞统说我反皇帝是因为他懦弱，如今看到他智勇双全，是天下百姓之幸，我也就没必要谋反了。不知道是真心，还是找台阶。
呼声比皇帝和庞统都高的包拯最终选择了跳崖，最后他和小蛮有出现在了双喜镇，一个是跑堂的，一个是丫鬟。包拯跳了三次悬崖，刘义跳了两次，刘义老婆跳了两次，少将军跳了一次。最严重的是包拯，只是短暂的失忆。
看得出来编剧不想把每个单元的反派塑造成单纯的反派，一直试图让反派看起来更立体，更有故事，让观众更“同情”反派。
但是三大神器案中想杀了弟弟再杀父亲的少将军，怎么就突然因为父亲的一句“我不亲近你，是为了锻炼你”就顿悟了。
脸谱杀人案的刘义是经过怎样的心理活动，才会选择杀死自己的结义兄弟来让自己死而无憾，玲玲是怎么的心理变化，才会同意刘义这么做。
最后的《杀灭央》里的庞统是看了《三大神器案》案中少将军的忏悔吗？把自己造反的原因说成是“皇帝懦弱”。把皇帝陷害自己当成“皇帝有能力”。怪不得自己派去监视刘义的玲玲和监视皇帝的林忠义都被策反了。
