朱元璋监督机构与特务机构的建立，使得君主高度集权，而宰相职位的废除，奏章成为了皇帝的唯一专权。外有监察机构与锦衣卫监视百官，内有奏章专权披红，行驶政务联系。这样的制度下百官不敢乱，也乱不起来，而废除宰相，奏章直接变成皇帝的专权之后更是无碍，而万历的三大征便是明神宗幕后操作的

朱翊钧十岁即皇帝位，位四十八年，明朝在位时间最长的皇帝。继位初期，勤学勤政，举日讲，御经筵，读经史，非常勤奋；位之初的十年，重用能臣，特别是信任和重用内阁首辅张居正，全力支持张居正推行万历新政开创了万历中兴局面。

万历二十年至二十八年，朱翊钧主持万历三大征先后在明朝西北、西南内地和朝鲜展开的三次大规模军事行动，巩固了明朝疆土，维护了明朝在东亚的主导地位，但也严重消耗了明朝的财力。万历皇帝溺爱郑贵妃，要立郑贵妃所生的皇子朱常洵为太子，群臣和李太后坚持立皇长子朱常洛，因此引发国本之争。

最后，万历皇帝理屈又势单力薄，只好低头，立皇长子朱常洛为太子，朱常洵为福王。郑贵妃虽然为儿子第一次夺嫡失败，可是恃宠而骄，并不死心，搞出了妖书案以致群臣对她野心更加戒备。多年以后，郑贵妃又私下谋划谋害太子朱常洛。

郑贵妃跟自己的弟弟暗谋，让亲信太监将一个乡下人张差引入太子宫，并给张差一根梃棍，唆使张差见人就打，最后张差被太子宫太监制服，史称梃击案。梃击案引起了朝局的争论，而且大臣们一直有疑问，各派系也借机打击对方，案情差点儿就涉及至郑贵妃和明神宗，有造成明神宗与皇太子矛盾的趋势。

这让明神宗非常烦恼，对朝中大臣更失望了因而，也使他更不愿意上朝。梃击案前，初入内阁的廷臣根本就不知道皇帝长相是怎样的当时，于慎行、赵志皋、张位和沈一贯四位重臣对朝中政事忧心如焚，但他见不到皇帝，无计可施，只能数太阳影子长短来打发值班时间。朝臣不见皇帝上朝，也无心于朝政。

万历四十年，南京各道御史上疏朝中各部司空虚，诸正式荒废，皇上深居二十余年，未曾一次召见大臣，天下有陆沉之忧。朱翊钧继位之初，高拱是内阁首辅，当时主少国疑，高拱以才略自许，盛气凌人，欲专权擅政，极力想剥夺礼监掌印太监冯保的权力，因此了被冯保视为死敌。

后来，冯保当时的阁臣张居正联手，皇贵妃李氏和陈皇后面前，告发高拱蔑视朱翊钧年少不能为人主。因而，后宫陈太后等的支持下，除去高拱首辅之职，冯保得以稳掌内朝权力，而张居正成了首辅，掌管外庭。神宗帝支持张居正推行改革，取得了显著的政治成绩。

虽然万历不上朝，但对于朝中事务，明神宗都能通过太监了解到太监们会将朝政政务传达给万历皇帝。万历皇帝也会通过太监们将自己的决策传达给大臣，让他去传令给阁臣去执行。明神宗就是以这种谕旨方式来掌控朝政的很能用太监又能抑制太监。比方，明神宗清除了掌管内朝的太监冯保之后，便开始重用张宏、张诚与张鲸等。

冯保被斥逐之后，张宏继任为司礼监掌印太监，而张鲸任掌东厂太监，兼掌内府供用库。张宏是一位很忠诚很有责任心的太监，见神宗左右内侍以财货蛊惑皇上心性，便绝食数日，以致饿死，以死来劝谏神宗，神宗对他死非常痛惜，命人把张宏安葬于阜城门外迎祥寺侧。

总之，万历年间虽然发生了资本主义的萌芽，但是资本主义对于国家而言并没有多大的用处。国家所征的税基本上都来自于田地，不管经济多发达，都与国家无关，有资本主义，与没有资本主义都一样，所以这并不能为万历的懒政辩解。